一是船舶及有關作業活動污染防治措施不足。海洋環境保護法第八章規定了船舶及有關作業活動污染防治措施。檢查發現，部分地方與港口相連的市政排污管網建設滯后，港口污染物接收設施與城市公共轉運、處置設施銜接不暢，船舶含危險化學品污染物及生活污水的接收設施不完善，岸線溢油應急清除能力和回收處置能力建設相對滯后。一些港口陸上污染物接收處置費用偏高，船舶違法排放污染物追究不力，偷排超排現象較為普遍。
二是海水養殖污染管控措施不到位。海洋環境保護法第28條明確要求海水養殖場建設應當進行環境影響評價，防止海洋污染。廣東省近90％的養殖用海未納入海域使用管理，大多數新建、改建、擴建海洋養殖場未按要求開展環境影響評價，各級漁業、環保和海洋部門均未將海水養殖廢水排放納入監管范圍。浙江省慈溪市海灣非法養殖1.2萬畝，多年來地方政府缺少監管。
三是違法采砂問題比較突出。海洋環境保護法第46條嚴格限制采挖砂石行為。檢查中發現，非法盜采海砂問題比較普遍、屢禁不止。福建省近兩年辦結“碧海”案件595宗，其中海域違法采砂破壞海洋生態環境案570宗，占95.8％。
（四）海洋生態保護與修復工作相對滯后
海洋環境保護法第三章對海洋生態保護作出專門規定，檢查中發現，海洋生態保護優先原則落實不夠，海洋生態服務功能退化嚴重。
一是大規模違法違規圍填海活動嚴重破壞海洋生態系統。長期以來的大規模違法違規圍填海活動，使得濱海濕地大面積減少，自然岸線銳減，生態退化和資源閑置浪費問題突出。河北省2002年以來累計填海造地3萬多公頃，空置率68％，大陸自然岸線保有率不足15％，遠低于35％的國家要求。受旅游及周邊開發建設項目影響，海南省三亞灣部分岸段出現沙灘黑化和岸線侵蝕現象。
二是海洋自然保護區保護不力。各地普遍存在海洋自然保護區選劃積極性不高、機構人員難以落實、經費投入缺乏保障和監督管理不嚴等問題。廣西、江蘇等地在自然保護區內的非法建設問題突出。
三是海洋生態保護修復缺乏頂層設計，制度建設相對滯后。海洋生態保護修復缺乏統一規劃和科學布局，重大整治修復項目主要根據地方申請安排，相關整治修復標準規范不完善。海洋生態補償力度不夠，海洋生態損害賠償缺乏可量化標準，缺少引入社會資本參與生態保護修復的有效機制。
（五）海洋環境監督管理制度落實不到位
一是海洋環境質量標準體系不完善。海洋環境保護法第10條規定“國家根據海洋環境質量狀況和國家經濟、技術條件，制定國家海洋環境質量標準。”現行海洋環境質量標準參數采用全國統一指標限值，未充分考慮河口、近岸和遠海等不同海域的水動力學、生物和化學等背景狀況，特別是在具有陸海過渡特征的河口海灣生態系統中難以適用。法律第11條規定“國家和地方水污染物排放標準的制定，應當將國家和地方海洋環境質量標準作為重要依據之一”。地方普遍反映，陸海污染治理標準統籌不夠，現行排海的污染物排放標準一律按照排入江河的污染物排放標準執行，無法滿足海洋環境保護實際要求。
二是重點海域排污總量控制制度落實不到位。1999年海洋環境保護法修改時明確規定在重點海域實施排污總量控制制度，但該項制度尚處于基本方法完善階段，未形成區域、流域和海域銜接聯動的有效模式。
三是海洋環境監視監測制度落實有差距。海洋環境保護法第14—16條對海洋環境監視監測制度建設作出具體規定。檢查發現，海洋監測業務體系陸海統籌不夠，近岸海域、入海河流及排污口、重要海洋功能區和生態敏感區監測點位較少，監測評價技術標準不統一，部門間監測數據可比性較差。
四是海洋環境污染事故防范和應急處置制度建設相對滯后。海洋環境保護法第17—19條、第50—54條對海洋環境污染事故防范和應急處置作出詳細規定。我國石化、裝備制造、鋼鐵等重化工業大多在沿海地區集中布局，結構性海洋環境風險大。山東東營附近海域作為我國的主要產油區，該海域石油類濃度為渤海最高。河北省海域平均每年發生溢油3.4次，前不久福建省泉州市發生的碳九泄漏對海洋環境造成影響。大部分沿海地區應對重特大污染事故專項資金保障不足、部門間應急聯動協作能力不強、立體監視監測體系不健全、應急反應機制不完善等問題突出。
五是環境信息公開制度缺乏系統規范。海洋環境保護法第6條、第16條對信息管理和公開作出具體規定。當前涉海工程環境信息公開缺乏明確的規范和要求，公開范圍和力度不大，難以滿足社會公眾知情權。信息共享機制亟待健全，各級政府和部門間信息系統兼容互通性不強。